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这几个数据库轻松搞定2020年的科研懊恼~

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Genbank库包罗了一(yi)切(qie)已知的核酸(suan)序列和(he)卵(luan)白质序列,和(he)与它们相干的文献著述(shu)和(he)生物学正(zheng)文。它是由美国(guo)国(guo)立生物手艺信息(xi)中间(NCBI)成(cheng)立和保护的。它的(de)数据(ju)间接(jie)来历于测序任务者(zhe)提交的(de)序列(lie);由测序(xu)中间提交的大(da)批EST序(xu)列和别的测序(xu)数据;和与别的数据机构协作互换数据而来。Genbank天天城市与欧洲份(fen)子(zi)生物学尝试室(EMBL)的数据(ju)(ju)库(ku),和日(ri)本的DNA数据(ju)(ju)库(ku)(DDBJ)互(hu)换数据(ju)(ju),使(shi)这三个数据(ju)(ju)库(ku)的数据(ju)(ju)同步。Genbank的(de)数据能够从NCBI的(de)FTP办(ban)事器上收费下(xia)载完全的(de)库,或下(xia)载堆集的(de)新数据。NCBI还(hai)供给普遍的(de)数据(ju)查(cha)问、序列类似性搜刮和别的(de)阐发办事,用(yong)户能够从NCBI的(de)主页上找到这些办事。

Genbank库里的数据按来历(li)于约(yue)55,000个物(wu)种(zhong),此中56%是人(ren)类(lei)的基因组序(xu)列(lie)(lie)(一(yi)切序(xu)列(lie)(lie)中的34%是人(ren)类(lei)的EST序(xu)列(lie)(lie))。每条Genbank数据记实(shi)包罗了(le)对序列的扼要描写,它的迷信(xin)定(ding)名,物种分类(lei)称号,参考文献,序列特点表,和序列自身(shen)。序(xu)列特(te)点表里包罗(luo)对序(xu)列生物学(xue)特(te)点正文(wen)如:编码(ma)区、转录单位、反复(fu)地(di)区、渐(jian)变(bian)位点(dian)或润色位点(dian)等(deng)。一切数据记实被(bei)分别(bie)在(zai)多少个文件(jian)里,如(ru)细菌(jun)类(lei)(lei)、病毒类(lei)(lei)、灵长类(lei)(lei)、啮齿(chi)类(lei)(lei),和(he)EST数据、基(ji)(ji)因(yin)组测序数据、大范(fan)围基(ji)(ji)因(yin)组序列数据等16类(lei)(lei),此(ci)中EST数据等又被(bei)各自分红(hong)多少个文件(jian)。

NCBI的(de)数据库检索查问体系是Entrez。Entrez是基于(yu)Web界(jie)面的综合(he)生(sheng)物(wu)信息数据(ju)库(ku)检索(suo)体(ti)系。操(cao)纵Entrez体系,用户(hu)不只能够便利地(di)检索(suo)Genbank的核酸(suan)数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju),还能够检索(suo)来自Genbank和(he)别的数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库的卵白(bai)质序(xu)列数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)、基因(yin)组图谱(pu)数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)、来自份子模子数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(MMDB)的卵白(bai)质三维(wei)布局(ju)数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)、种群序(xu)列数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)集、和(he)由PubMed取(qu)得Medline的文献数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)。
Entrez供给了便利(li)适用的(de)检(jian)索(suo)办事,一(yi)切操纵都能(neng)够(gou)在收集阅(yue)读器上完成。用户(hu)能够操纵(zong)Entrez界(jie)面上供给(ji)的(de)限定(ding)前提(ti)(Limits)、索(suo)引(yin)(Index)、检(jian)(jian)索(suo)汗青(qing)(History)和剪贴板(ban)(Clipboard)等(deng)功效(xiao)来完(wan)成庞杂的(de)检(jian)(jian)索(suo)查问任务。对检(jian)索取(qu)得的记实(shi),用户能够挑选须要显现的数据,保管查问成果,乃至以图(tu)形体(ti)例旁观检(jian)索取(qu)得的序列(lie)。更具体的(de)Entrez利(li)用申明能够在该主(zhu)页(ye)上取(qu)得。
(2)向Genbank提交序列数据
NCBI的网址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Entrez的网址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
BankIt的网址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt
Sequin的相干网址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/
02.EMBL核酸序列数据库
 
SRS的网址是:http://srs.ebi.ac.uk/
 
日(ri)本DNA数(shu)据堆栈(DDBJ)也是一个周(zhou)全的核酸序列数(shu)据库(ku),与(yu)Genbank和EMBL核酸库(ku)协作互换数(shu)据。能够利用(yong)其(qi)主页上供给的SRS东(dong)西停(ting)止数据检(jian)索和序列阐发。能够用Sequin软件向该数据库提交序列。

DDBJ的网址是:http://www.ddbj.nig.ac.jp/
04.GDB数(shu)据库(ku)
 

 

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今朝GDB中有:人类基因组地区(包含基因、克隆、amplimers PCR 标记、断点breakpoints、细胞遗传标记cytogenetic markers、易碎位点fragile sites、EST序列、综合地区syndromic regions、contigs和反复序列);人类(lei)基因组图谱(pu)(pu)(包含细胞遗传(chuan)图谱(pu)(pu)、毗(pi)连图谱(pu)(pu)、喷射性杂(za)交图谱(pu)(pu)、content contig图谱(pu)(pu)和综合图谱(pu)(pu)等);人类(lei)基(ji)因(yin)组内的(de)变异(包含渐变和(he)多态性,加上等(deng)位基(ji)因(yin)频(pin)次数据)。GDB数(shu)(shu)据(ju)库以工具(ju)(ju)模子来保管数(shu)(shu)据(ju),供给基于Web的(de)数(shu)(shu)据(ju)工具(ju)(ju)检(jian)索办事,用户能够(gou)搜(sou)刮各(ge)类范例(li)的(de)工具(ju)(ju),并以图形(xing)体(ti)例(li)旁观基因组(zu)图谱。

GDB的网址是:http://www.gdb.org
GDB的国际镜像是:http://gdb.pku.edu.cn/gdb/


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